più antico uso di nomi di famiglia o cognomi non è chiaro.
In Cina, secondo la leggenda, l'uso dei cognomi è iniziato con l'Imperatore Fu Hsi nel 2852 a.C. La sua amministrazione standardizzò il sistema di nomi al fine di facilitare il censimento, e l'uso delle informazioni del censimento. Dalla documentazione scientifica risulta che i cognomi matrilineari esistevano in Cina prima della dinastia Shang (1600-1046 a.C.) e che "dal tempo della dinastia Shang (i cognomi cinesi) erano divenuti patrilineari".
In Giappone, l'uso dei cognomi fino al XIX secolo non era frequente tranne che tra l'aristocrazia.
Nell'antica Grecia, durante alcuni periodi, l'identificazione formale, normalmente includeva il luogo d'origine. In altri periodi anche i nomi dei clan e i patronimici ("figlio di") erano comuni. Ad esempio, Alessandro Magno era conosciuto come Eraclide (come discendente presunto di Eracle) e dal nome dinastico Karanos/Caranus, che si riferiva al fondatore della dinastia alla quale apparteneva. In nessuno di questi casi, però, erano questi nomi considerati parti essenziali del nome della persona, né erano esplicitamente ereditati nel modo che è comune in molte culture oggi.
Se nei tempi arcaici veniva usato un solo nome, nella Roma antica già negli ultimi secoli della Repubblica romana le persone libere adottavano tre nomi (tria nomina):
praenomen (che distingueva l'individuo ed era paragonabile al nome proprio di persona contemporaneo),
nomen (che denotava la gens di appartenenza, paragonabile all'odierno cognome)
cognomen (che era un soprannome dato all'individuo o ai membri del ramo di una famiglia).
Verso il V secolo la distinzione fra nomen e cognomen si fece sempre più sfumata e divenne comune l'uso di un nome unico (detto supernomen o signum), con le caratteristiche di non essere ereditato e di avere un significato immediatamente comprensibile (ad esempio il nome imperiale Augustus che significa "consacrato dagli auguri" o "favorito da buoni auspici").
Dopo la caduta dell'Impero romano, ogni persona veniva identificata dal solo nome personale, di cui venivano usati vezzeggiativi in ambito familiare. Tali nomi si riferivano, anche, alle caratteristiche della persona, alla provenienza o alla paternità. L'avvento della religione cristiana e le ripetute invasioni barbariche facilitarono la diffusione di nuovi nomi che si aggiunsero a quelli già in uso. A seguito della grande crescita demografica avvenuta in Europa tra il X secolo e l'XI secolo, divenne sempre più complicato distinguere un individuo da un altro usando il solo nome personale.
Tra le principali difficoltà nell'individuare correttamente una persona e registrarla, dev'essere considerata la condizione, tipica dell'epoca medievale, di chi fuggiva dallo status di servo rurale per vivere in città: ci si registrava nelle corporazioni municipali fornendo il nome e la provenienza (Montanaro, Dal Bosco, ecc.) oppure un pregio o difetto fisico (Gobbo, Rosso, Mancino, ecc.) oppure un mestiere (Sella, Ferraro, Marangon, ecc.) oppure l'indicazione del padre e della madre (es. Petrus Leonis equivaleva a Pietro figlio di Leone, che in seguito divenne Pierleone o Pier di Leone) e, dopo un anno solare, il feudatario perdeva il diritto di riportare il fuggitivo nel feudo di provenienza.
Si rese così nuovamente necessario identificare tutti gli individui appartenenti alla medesima discendenza con un altro nome. Nacque, in tal modo, il cognome moderno, che poteva essere originato da una caratteristica peculiare delle persone, come, ad esempio, la loro occupazione, il luogo d'origine, lo stato sociale o semplicemente il nome dei genitori: "Rossi" (il cognome più diffuso in Italia) potrebbe far riferimento al colorito della carnagione o dei capelli di qualche antenato; "Fiorentini", probabilmente, la provenienza originaria da Firenze, "Di Francesco" potrebbe indicare "figlio di Francesco". Esistono cognomi composti da più parole; il cognome Coladonato, ad esempio potrebbe indicare "colui che ha donato".
In Italia, l'uso dei cognomi è, inizialmente, una prerogativa delle famiglie più ricche. Tuttavia, tra il XIII secolo e il XIV secolo, l'uso si estende agli strati sociali più modesti.
Il Concilio di Trento del 1564 sancisce l'obbligo per i parroci di gestire un registro dei battesimi con nome e cognome, al fine di evitare matrimoni tra consanguinei